與傳統(tǒng)的行幫組織和其他任何工商團(tuán)體相比，商會的組織體系是最為完整的。商會的組織體系由內(nèi)部組織系統(tǒng)和外部組織系統(tǒng)兩個部分構(gòu)成。

　　就內(nèi)部組織系統(tǒng)而言，商會有嚴(yán)密而明確的組織領(lǐng)導(dǎo)體制。商會的最高權(quán)力機(jī)構(gòu)是會員大會，因臨時需要而舉行的會員大會稱為“特會”，按規(guī)定日期召開的會員大會稱為“常會”或“年會”，一般每年舉行一至兩次。一切重大事務(wù)都須經(jīng)會員大會討論決定，如會費數(shù)額之增減、會中公款之動用、會中財產(chǎn)之買賣和抵押、會員之開除或辭退、會章之修汀、會董之選舉，以及其他會長和會董（或稱議董）難以決定之事。

　　會董會議是商會的最高日常領(lǐng)導(dǎo)機(jī)構(gòu)，它由會董組成，由總理、協(xié)理(民國以后改稱會長、副會長)領(lǐng)導(dǎo)，一般情況下每周議事一次，遇有重要事情隨時開會討論。會董會議有推舉總理和協(xié)理、監(jiān)察會務(wù)、籌議經(jīng)費、討論會章等權(quán)限。凡較為重大的事務(wù)均須由會董會議討論決定，如對犯錯誤會董的處罰，對振興實業(yè)計劃的研定，對商務(wù)糾紛的裁定等。商會的日常事務(wù)則由會董分工負(fù)責(zé)，如上海商務(wù)總會的章程規(guī)定:設(shè)會計議董(相當(dāng)于財務(wù)主管)2名，以監(jiān)察會內(nèi)收支各項款目為職責(zé)；設(shè)書記議董(相當(dāng)于秘書長)2名，以監(jiān)察會內(nèi)往還電文、公牘、書札、收發(fā)條陳等事為職責(zé)；設(shè)庶務(wù)議董(相當(dāng)于辦公室主任)4名，以監(jiān)察會內(nèi)日常事務(wù)和對外接待等事為職責(zé)；設(shè)糾儀議董2名，以監(jiān)察開會時會議室內(nèi)規(guī)則為職責(zé)；設(shè)調(diào)查議董2名，以監(jiān)察調(diào)查商業(yè)及調(diào)查各業(yè)入會情況，登記會員、會友為職責(zé)；設(shè)理案議董5名，以監(jiān)理錢債糾葛、商務(wù)糾紛為職責(zé)；設(shè)中證議董2名，以監(jiān)察各業(yè)商人的契券、合同并為之公證為職責(zé)。

　　總理和協(xié)理是商會的最高行政領(lǐng)導(dǎo)者，由會董會議在會董中選舉產(chǎn)生。他們的職責(zé)是主持會務(wù)、籌集經(jīng)費、稽核開支、裁定會章、秘密裁定各事、聯(lián)絡(luò)官府等。但他們只能按照章程的有關(guān)規(guī)定，以及會董會議和會員大會的決議行使職權(quán)，不能私自決定重大事務(wù)。

　　商會還聘用一些專職辦事人員，分別負(fù)責(zé)處理具體事務(wù)。上海商務(wù)總會的職員有:坐辦1人、理事1人、西方法律顧問1人、書記(即文秘)3人、繕校4人、翻譯1人、司賬2人(即會計)、庶務(wù)2人(即雜務(wù))等。該會章程明確規(guī)定:會中辦事人員，有行法之權(quán)，無司法和立法之權(quán)，只能按照總理、協(xié)理、議董、會員等所議決的辦法執(zhí)行。

　　由此可見，商會內(nèi)部的組織體系，不僅有健全而正規(guī)的領(lǐng)導(dǎo)職務(wù)和辦事機(jī)構(gòu)設(shè)置，而且有完整的民主集中制度，這是傳統(tǒng)的行會組織所無法比擬的，也充分體現(xiàn)了商會的現(xiàn)代組織特性。

　　就商會的外部組織系統(tǒng)而言，可以分為兩種。第一種是同一省區(qū)內(nèi)各商會之間的聯(lián)系。當(dāng)時，商會的組織形式分為商務(wù)總會、商務(wù)分會、商務(wù)分所(民國以后改稱總商會、分會、分所)三級?？倳]在各省省城和其他工商業(yè)大城市；分會設(shè)在各縣縣城和其他商務(wù)較為發(fā)達(dá)的城鎮(zhèn)；分所設(shè)在總會或分會所在地區(qū)的其他商業(yè)小鎮(zhèn)。工級之間的組織關(guān)系是，分所往往依附于總會或分會，分會除了由部頒章程明文規(guī)定為按省分別隸屬于商務(wù)總會外，而且總是主動把自己所屬地區(qū)的商務(wù)總會作為上級機(jī)關(guān)。分會和分所的印信要通過總會領(lǐng)取，遇有艱難之事往往請求總會幫助解決。在聯(lián)絡(luò)關(guān)系上，總會則處于全省商會聯(lián)盟的領(lǐng)袖地位，如全省性的商會活動常常由它組織領(lǐng)尋；各級商會向省政府或中央政府提出的要求經(jīng)常由它傳遞；省政府和中央政府有關(guān)商界的政策法令也通常由它傳達(dá)；省與省之間的商會活動更由它聯(lián)系。因此，在總會一分會一分所三者之間，形成了一種逐級控制體系和信息互傳體系，使一個省區(qū)內(nèi)的商會能夠有事則合無事則分，靈活地開展各種活動，應(yīng)付各種局面。但是，這種組織狀況也說明，一個省區(qū)內(nèi)商會的組織系統(tǒng)只是一種總會、分會、分所二級之間的縱向聯(lián)絡(luò)系統(tǒng)。同級商會之間，即總會與總會、分會與分會、分所與分所的橫向聯(lián)系，雖偶有發(fā)生，但沒有經(jīng)常的溝通渠道。尤其是商務(wù)總會，由于它是一個省區(qū)內(nèi)最高一級的組織，既沒有與別的總會發(fā)生經(jīng)常聯(lián)系的橫向渠道，也沒有再向上溝通的縱向渠道。這實質(zhì)上是一種以各商務(wù)總會為首的以省區(qū)為單位的半封閉組織系統(tǒng)。這種狀態(tài)，直到后來全國商會聯(lián)合會成立以后，才有所改變。

　　第二種是商會與它的從屬團(tuán)體之間的聯(lián)系。所謂從屬團(tuán)體，就是由商會發(fā)起創(chuàng)辦，或由商會成員兼任領(lǐng)導(dǎo)，或由商會資助經(jīng)費的團(tuán)體，主要有商團(tuán)和商學(xué)公會(或商學(xué)研究會)等。商團(tuán)是由商會組織和領(lǐng)導(dǎo)的武裝治安組織，它以青年商人或商家子弟為主要成員，由商會選派有名望的會董擔(dān)任直接領(lǐng)導(dǎo)，由商會提供主要經(jīng)費。如蘇州商團(tuán)由商務(wù)總會發(fā)起集款創(chuàng)辦，第一任會長(團(tuán)長)洪毓麟、副會長倪開鼎都是商會的議董；議事員尤先甲、杭祖良、彭福孫和蔣炳章等分別是商會的總理、議董和名譽會員。又如上海商團(tuán)，初創(chuàng)時以商會總理為名譽會長，它的歷屆會長中，李平書是滬南商會會董；曾擔(dān)任過上海商務(wù)總會第二屆總理；蘇本炎、王一亭、張嘉年、葉增銘均系上海商務(wù)總會的會董或會員。再如漢口商團(tuán)，初建時由商會會員王琴南任會長，武昌起義時則直接由商會總理蔡輔卿、協(xié)理李紫云召集組織。商學(xué)公會或研究會與商會的關(guān)系，雖然不如商團(tuán)那樣密切，但也與商會有著一定的目的相共關(guān)系、業(yè)務(wù)聯(lián)絡(luò)關(guān)系和人員滲透關(guān)系。如杭州商學(xué)公會聲稱，它與商會宗旨相同，凡是本省和外省各城市的商會都應(yīng)當(dāng)聯(lián)絡(luò)。上海滬南商學(xué)公會則由商會直接發(fā)起。天津的北洋商學(xué)公會、直隸商業(yè)研究會、天津工商研究總會，都有不少商會成員參與其中。商會還與其他工商界團(tuán)體有著各種程度不同的組織聯(lián)系、業(yè)務(wù)關(guān)系和人員滲透關(guān)系，這里不一一列舉。

　　商會的這種廣泛的外部組織關(guān)系，是由作為商會成員的紳商的多重社會屬性所決定的，他們往往集紳、學(xué)、工、商于一身，能以其各種身份參加各種社會活動和社會團(tuán)體，從而也造成作為紳商大本營的商會與其他各種團(tuán)體之間的互相聯(lián)系和影響，使它們能夠在一些大的社會活動中互相配合，形成聲勢浩大的社會運動。