目前，QFII按照10%預提資本利得，但這一筆資金只是在賬面預提，至今并沒有正式兌付。同RQFII、QFII類似，在是否繳納和如何繳納資本利得稅的問題上，滬港通沒有明確。許多海外機構投資者會在基金資產(chǎn)中將盈利的10%做出撥備以防止可能出現(xiàn)的風險。分析人士指出，從某種角度說，此次滬港通的推出也將為一直以來QFII沒有定論的稅收問題廓清邊界。

　　李小加表示，在滬港通全網(wǎng)測試時，資本利得稅并未包括在內(nèi)，主要是因為“不知道該怎么收”。他舉例稱，投資者的持股可能是分批以不同價格購買的，賣的時候又是分批賣出，投資收益如何計算需要進一步明確。

　　李小加指出，目前海外投資者投資滬股通的資本利得稅征收問題，一共有四種可能性：不征收資本利得稅；滬港通推出之初暫不征收，但待稅務部門明確相關問題后追溯以往交易；暫不征收，未來征收時不追溯過往交易；滬港通啟動時就征收資本利得稅。

　　國泰君安首席經(jīng)濟學家林采宜對中國證券報記者表示，滬港通稅收制度一是要和港交所進行協(xié)調(diào)，滬港要統(tǒng)一；二是要和內(nèi)地市場，和其他沒有開通滬港通的股票和市場政策上實現(xiàn)沿襲，因此最終確定確實存在挑戰(zhàn)。武漢科技大學金融證券研究所所長董登新也認為，香港的稅制與內(nèi)地有一定差異，兩地不同的稅制在協(xié)調(diào)方面有一定的困難。主要是面對個人投資者和機構投資者不同的投資主體在稅制上如何銜接，還有待進一步完善。

　　有稅務人士指出，一直以來資本市場征稅存在一些重復計征和征收空白。目前內(nèi)地資本市場稅收制度仍存完善空間。例如，盡管對股息紅利規(guī)定收取所得稅，但對賣出股票賺取的差價及資本利得，目前內(nèi)地并未規(guī)定交稅。此外，投資者從上市公司獲得的現(xiàn)金分紅來源于企業(yè)稅后利潤，因此再次繳交所得稅也存在重復征收問題。而根據(jù)香港相關規(guī)定，股票在交易環(huán)節(jié)征收稅率為0.1%的股票印花稅和定額5港元的轉手紙印花稅。公司和法人在港交所買賣上市股票和其他上市證券獲得的利潤需按16.5%稅率繳納利得稅。