本報(bào)記者俞慧友

　　“我們的3000份綠色超級(jí)稻基因組原始測(cè)序數(shù)據(jù)，覆蓋了全球25萬(wàn)份種質(zhì)基因全部遺傳變異的95％。這份核心數(shù)據(jù)，將正式通過阿里云平臺(tái)，向全球免費(fèi)開放?！?月15日，中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院、阿里云計(jì)算有限公司、華智水稻生物技術(shù)有限公司、北京聚道科技有限公司在長(zhǎng)沙共同啟動(dòng)“云之稻項(xiàng)目”，中國(guó)農(nóng)科院農(nóng)作物基因資源與基因改良國(guó)家重大科學(xué)工程首席科學(xué)家黎志康如是告訴科技日?qǐng)?bào)記者。

　　3000份水稻核心種質(zhì)基因組測(cè)序數(shù)據(jù)，是科技部和比爾·梅琳達(dá)蓋茨基金會(huì)“為非洲和亞洲資源貧瘠地區(qū)培育綠色超級(jí)稻”重大科技專項(xiàng)的重要課題成果，這也是迄今為止全世界最大的植物基因組測(cè)序項(xiàng)目。項(xiàng)目旨在培育能夠廣泛適用于灌溉和雨養(yǎng)地區(qū)生態(tài)環(huán)境，并具氮磷高效利用、抗病、抗蟲、高產(chǎn)、優(yōu)質(zhì)、抗逆（干旱、鹽堿）等特性的水稻新品種，在目標(biāo)國(guó)示范推廣，推動(dòng)雜交稻種子生產(chǎn)能力，并為撒哈拉以南非洲國(guó)家、亞洲和中國(guó)的西南地區(qū)水稻分子育種建立一個(gè)高效水稻基因型分析技術(shù)平臺(tái)。

　　3000份水稻核心種質(zhì)基因組測(cè)序數(shù)據(jù)能做什么？

　　為水稻核心種質(zhì)做基因組測(cè)序，是一項(xiàng)龐大工程。黎志康領(lǐng)銜的團(tuán)隊(duì)，耗費(fèi)了兩年半的時(shí)間，才獲得這3000份水稻核心種質(zhì)基因組測(cè)序數(shù)據(jù)。一位超級(jí)稻科研工作者接受科技日?qǐng)?bào)記者采訪時(shí)表示，該基因數(shù)據(jù)庫(kù)資源，至少有兩方面用途，一是從基因庫(kù)調(diào)取數(shù)據(jù)，研究目標(biāo)基因的分布、進(jìn)化和功能。二是可分析基因組之間的多態(tài)性位點(diǎn)，并以之開發(fā)分子標(biāo)記，甚至是基因芯片，用于分子育種。

　　黎志康認(rèn)為，通過對(duì)3000份水稻核心種質(zhì)基因組測(cè)序分析，能夠回答水稻有多少遺傳多樣性可以應(yīng)用，從哪里獲取生物育種所需遺傳資源的問題，分析得到的數(shù)據(jù)將為水稻基礎(chǔ)認(rèn)識(shí)和生物育種提供基礎(chǔ)信息資源。這項(xiàng)研究可揭示全球栽培稻資源的基因組多樣性，和每個(gè)水稻資源的遺傳特點(diǎn)及應(yīng)用價(jià)值。此外，將3000份水稻種質(zhì)資源帶入水稻育種應(yīng)用中，將為水稻育種創(chuàng)新提供材料和新思路，對(duì)數(shù)據(jù)的分析結(jié)果還將填補(bǔ)人們對(duì)水稻甚至各個(gè)物種在基因組學(xué)方面的知識(shí)空缺。

　　“基因組大數(shù)據(jù)是水稻分子育種的基礎(chǔ)。我們正承擔(dān)有建設(shè)國(guó)家水稻分子育種大平臺(tái)的任務(wù)，也希望通過對(duì)3000份水稻基因組序列進(jìn)行深度分析，重點(diǎn)挖掘出水稻種質(zhì)資源的重要遺傳區(qū)段，為種業(yè)公司提供優(yōu)質(zhì)的分子標(biāo)記開發(fā)，全基因組關(guān)聯(lián)分析和優(yōu)良農(nóng)藝性狀定位等種業(yè)高科技服務(wù)?！比A智水稻生物技術(shù)有限公司總經(jīng)理張健說。

　　四方聯(lián)袂擬打造最全“水稻功能基因組和育種信息數(shù)據(jù)庫(kù)”

　　3000份水稻基因組測(cè)序項(xiàng)目分析得到的數(shù)據(jù)量將達(dá)到幾百TB，處理如此大規(guī)模的基因組數(shù)據(jù)，科研機(jī)構(gòu)要具備相應(yīng)存儲(chǔ)和計(jì)算能力既不現(xiàn)實(shí)，也會(huì)造成重復(fù)配置資源。為此，四方機(jī)構(gòu)共同啟動(dòng)“云之稻項(xiàng)目”，協(xié)議將3000份水稻種質(zhì)資源基因組測(cè)序數(shù)據(jù)通過阿里云平臺(tái)，無(wú)償向全球共享數(shù)據(jù)，項(xiàng)目組還擬建立最全“水稻功能基因組和育種信息數(shù)據(jù)庫(kù)”，為基礎(chǔ)研究和育種應(yīng)用提供可供參考的重要信息。這不僅有利于加快規(guī)?；l(fā)掘水稻優(yōu)良基因，突破水稻復(fù)雜性狀分子改良的技術(shù)瓶頸，還能加快高產(chǎn)、優(yōu)質(zhì)、廣適性新品種培育的進(jìn)程，全面提升我國(guó)及全球水稻基因組研究和分子育種水平。

　　水稻基因數(shù)據(jù)公益云平臺(tái)構(gòu)建于阿里云的對(duì)象存儲(chǔ)服務(wù)和批量計(jì)算服務(wù)之上。阿里云對(duì)象存儲(chǔ)服務(wù)（OSS），是阿里云自主研發(fā)的分布式存儲(chǔ)系統(tǒng)，具海量存儲(chǔ)空間和幾乎無(wú)限的擴(kuò)容能力，能通過多重?cái)?shù)據(jù)冗余備份和自動(dòng)故障恢復(fù)機(jī)制保證數(shù)據(jù)安全。通過OSS提供的免費(fèi)存儲(chǔ)和下載服務(wù)，云之稻項(xiàng)目的水稻基因組數(shù)據(jù)可以隨時(shí)為全球科學(xué)家所用。同時(shí)，阿里云批量計(jì)算服務(wù)是專門針對(duì)基因數(shù)據(jù)分析等計(jì)算密集型應(yīng)用設(shè)計(jì)的分布式云服務(wù)，其自動(dòng)的資源管理、靈活的任務(wù)調(diào)度和工作流支持，可大大簡(jiǎn)化在云上搭建水稻基因分析平臺(tái)的過程。

　　基因大數(shù)據(jù)的分析處理必須面對(duì)很多難題，比如海量數(shù)據(jù)傳輸，數(shù)據(jù)安全和權(quán)限隔離，數(shù)據(jù)調(diào)度和處理如何簡(jiǎn)潔高效，以及如何尋找穩(wěn)定可靠且低成本的存儲(chǔ)資源等。聚道科技開發(fā)了GeneDock基因數(shù)據(jù)云服務(wù)平臺(tái)，針對(duì)基因數(shù)據(jù)格式使用獨(dú)特壓縮算法，大大降低數(shù)據(jù)存儲(chǔ)和傳輸成本，研發(fā)了行業(yè)一流的分布式調(diào)度和執(zhí)行引擎，大大提高任務(wù)運(yùn)行速度，降低運(yùn)行成本。用戶在云之稻（http://www.RiceCloud.org）下載數(shù)據(jù)，可直接在云端對(duì)3000份水稻核心種質(zhì)基因組數(shù)據(jù)進(jìn)行分析挖掘。

　　項(xiàng)目目前已經(jīng)對(duì)用戶免費(fèi)開放，后期還將陸續(xù)推出新的分析工具，方便科研工作者深入分析水稻基因組數(shù)據(jù)?！昂蠡蚪M時(shí)代，這個(gè)項(xiàng)目還將結(jié)合功能基因組學(xué)新的方法和策略進(jìn)行生物育種，貢獻(xiàn)于糧食安全和食品健康的發(fā)展。我希望全球水稻研究同行，能充分利用這一平臺(tái)，也希望國(guó)家有關(guān)部門能給予關(guān)注和扶持，促進(jìn)生物大數(shù)據(jù)行業(yè)的快速發(fā)展?！崩柚究嫡f。（科技日?qǐng)?bào)長(zhǎng)沙9月16日電）