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數(shù)據(jù)平臺讓水稻更易“讀懂”

  • 發(fā)布時間:2016-04-13 01:30:40  來源:科技日報  作者:佚名  責(zé)任編輯:羅伯特

  科技日報北京4月12日電 (記者馬愛平)水稻生物學(xué)數(shù)據(jù)庫眾多、信息量大,但大多是生物學(xué)原始數(shù)據(jù);國內(nèi)傳統(tǒng)種質(zhì)資源數(shù)據(jù)庫鮮有二次開發(fā)功能;國內(nèi)缺少整合多學(xué)科數(shù)據(jù)的集成性數(shù)據(jù)庫……如何從海量數(shù)據(jù)中挖掘有用信息提供給農(nóng)業(yè)科研工作者,一直是個難題。中國水稻研究所鄂志國、王磊、莊杰云等創(chuàng)建了“國家水稻數(shù)據(jù)中心”(http://www.ricedata.cn/),讓難題迎刃而解。

  經(jīng)過10多年的建設(shè),該平臺已發(fā)展成為一個以水稻為研究對象,融貫多學(xué)科的綜合性數(shù)據(jù)庫。其所載內(nèi)容已被他人引用超過350次,它以網(wǎng)站形式為用戶提供信息,日訪問IP數(shù)超過500個,在國內(nèi)外農(nóng)學(xué)類信息系統(tǒng)中,訪問量名列前茅。

  據(jù)悉,研究人員開發(fā)系譜數(shù),創(chuàng)建中國水稻品種及其系譜數(shù)據(jù)庫,收錄國內(nèi)外水稻品種和育種材料等數(shù)據(jù)近1.5萬份;構(gòu)建優(yōu)異稻種資源數(shù)據(jù)集和大品種指紋數(shù)據(jù)集,收集優(yōu)異稻種資源數(shù)據(jù)共計5379份。

  “本數(shù)據(jù)庫是國內(nèi)有關(guān)水稻品種資料最全,且唯一帶有系譜追溯功能的數(shù)據(jù)庫。”中國水稻研究所教授鄂志國說,在系譜追溯分析基礎(chǔ)上,研究人員提出“骨干親本”評價方法,即對同時代育成的種質(zhì)和同樣的衍生世代進行量化比較,有助于育種家高效選擇親本。

  科研人員還創(chuàng)建水稻功能基因數(shù)據(jù)庫,以文獻析出的方式整合了國內(nèi)外報道的水稻功能基因2545個;開發(fā)出基于瀏覽器的遺傳圖譜生成程序和基因結(jié)構(gòu)圖生成程序,并對水稻產(chǎn)量關(guān)鍵性狀相關(guān)數(shù)量性狀基因座(QTL)進行圖譜整合。

  這一平臺收錄水稻相關(guān)術(shù)語2300多條,開創(chuàng)性地將此系統(tǒng)應(yīng)用于水稻功能基因數(shù)據(jù)庫和參考文獻數(shù)據(jù)庫的管理;將不同學(xué)科數(shù)據(jù)進行有機整合,有助于節(jié)省科研人員的跨平臺檢索時間,提高了效率。

  截至目前,該數(shù)據(jù)庫還為國內(nèi)有需求的科研與教學(xué)單位無償提供“目標(biāo)種質(zhì)衍生后代批量查詢”等專項科技服務(wù),幫助育種家評判目標(biāo)種質(zhì)在育種中的利用價值,高效選擇親本。

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